الموضوع: استعمال برنامج RasTop في دراسة البنية الفراغية للبروتينات

I – بعض التوجيهات
1- افتح برنامج RasTop الموجود على سطح المكتب.
2- على الواجهة الرئيسية للبرنامج يظهر شريط القوائم ، شريط الأدوات و نافذة العرض.
يحوي شريط القوائم على مجموعة من النوافذ منها.
Fichier : نجد فيه ouvrir لفتح ملفات البروتينات ، ferme لغلقها....
Edite : يحوي على copie، sélectionner ، commande ....
Molecule : يحوي على information ، sequence
3- على مستوى نافذة commande يمكن كتابة جملة من الأوامر من أجل تحديد بعض الخصائص. من بين هذه الأوامر:
الأمر Select … وذلك من أجل تحيد موضع ذرة، حمض ، تتابع بروتيني ......
مثل select pro لتحديد توع الحمض pro في البروتين ، select 30 لتحديد موضع الحمض رقم 30 في اللسلسلة b
Select *100 لتحديد كل الأحماض ذات الترتيب 100. select 1,2,5,13 لتحديد موضع الأحماض 1,2,5,13
Select 2-10 لتحديد موضع الأحماض من 2-10 . select *b تحديد كل الأحماض المنتمية للسلة b .
Center من أجل تغيير مركز الدوران وفق مركز معين مثل center gly5
Select Mainchain لتحديد السلسلة الرئيسية. Select sidechain لتحديد السلسلة الرئيسية.
Hbonds لاظهار الروابط الهدروجينية . SSbonds لاظهار الروابط الكبريتية .
Restrict … وذلك من أجل اظهار الشيء المحدد فقط : حمض ، تتابع، ......
Restrict 2-10 لاظهار الاحماض الامينية من 2-10 فقط ( نتبع نفس الطريقة مع الامر select)
Restrict within ( x , z) لاظهار الحيز البروتينى الذي مركزه z ( يمكن ان يكون حمض، ذرة ...) و نصف قطره x (يكون بالأنجشتروم)
II- العمل التطبيقي:
1. افتح الملف 1 : ماذا يمثل هذا الجزيء ، تعرف على تركيبه الكميائي حسب الألوان، تعرف المجموعات الوظيفية فيه؟
2. افتح الملف 2 : ماذا يمثل هذا الجزيء ، تعرف على نموذج شكله الفراغي .
3. افتح الملف 3 : حدد عدد الأحماض أ ، حدد عدد وموضع الروابط الببتيدية.
4. افتح الملف4 : غير نمط العرض ، ما هو المستوى البنائي لهذا الجزيء، ما نوعه ، حدد عدد الأحماض أ وتوضع الروابط الهدروجينية فيه و توضع السلاسل الجانبية. ماذا تستنتج ، ولماذا.
5. افتح الملف 5 : غير نمط العرض: ما هو المستوى البنائي لهذا الجزيء، ما نوعه وطريقة توضعه.
6. افتح الملف 6 : غير نمط العرض، ما هو المستوى البنائي لهذا الجزيء، ما نوعه وطريقة توضعه، حدد توضع الروابط الهدروجينية فيه، حدد الأحماض الأمنية المتواجدة في نقطة الانعطاف، ماذا تستنتج، حدد توضع الروابط الهدروجينية فيه.
7. افتح الملف 7 : غير نمط عرض هذا الجزيء ذو البنية الثانوية ( حلزون α) حدد سبب انعطاف هذا الحلزون؟
8. افتح الملف 8 : حدد عدد الأحماض أ ، الحمضين الأول والأخير ، حدد البنيات الثانوية المتواجدة في هذا الجزيء. ما هو المستوى البنائي لهذا الجزيء؟
حدد توضع الأحماض الكارهة للماء hydrophobic . ماذا تستنتج. حدد توضع مجموعة الهيم hem في هذا الجزيء وكذا
الحمضين his القريب والبعيد؟ علما أن هذا الجزيء هو ميوجلوبين حدد موضع ارتباط الأوكسجين به؟
9. افتح الملف 9 : غير نمط العرض لهذا الجزيء، علما أن هذا الجزيء هو ليجيموجلوبين المتواجد على مستوى العقدالجذرية، هل هناك تشابه في البنية بينه وبين الميوجلوبين؟ هل التشابه في البنية له علاقة بالتشابه في الوظيفة؟
10. افتح الملف 10 : حدد عدد الأحماض أ ، الحمضين الأول والأخير ، حدد البنيات الثانوية المتواجدة في هذا الجزيء. ما هو المستوى البنائي لهذا الجزيء؟
حدد الأحماض cys ما هو عددها، حدد الروابط s-s ، ما هو دورها؟
علما أن هذا الجزيء هو انزيم اليزوزيم، حدد الموقع الفعال؟ الركيزة ، الأحماض المرتبطة بها ؟
11. افتح الملف 11 : ما هو مستوى بنية هذا الجزيء ، حدد عدد تحت الوحدات فيه؟
afro